ВКМ – крупнейшая в России коллекция микроорганизмов, общая численность фонда составляет около 25000 штаммов представителей всех основных надцарств (грибы, бактерии, археи, микроводоросли). В коллекции поддерживается более 2800 типовых (эталонных) штаммов видов, объекты интеллектуальной собственности, депонированные в ВКМ в связи с патентной процедурой, и другие организмы с уникальными свойствами и биотехнологическим потенциалом. Открытый каталожный фонд (https://www.vkm.ru/Catalogue.htm) содержит более 7500 штаммов (более 1000 родов и 3500 видов), охарактеризованных и идентифицированных в соответствии с современной системой классификации. Сведения по культурам открытого фонда ВКМ включены в Глобальный электронный каталог микроорганизмов WDCM/GCM Всемирной федерации коллекций культур (WFCC). ВКМ является признанным на международном уровне центром депонирования типовых штаммов описываемых новых таксонов микроорганизмов согласно международным правилам описания и регистрации новых видов микроорганизмов.
Важное направление деятельности ВКМ включает работы по развитию информационной структуры коллекции, информационному сопровождению объектов хранения и видов деятельности. Одним из ранних продуктов реализации работ по этому направлению было создание в 1992 году Единого электронного каталога 17 российских коллекций. В настоящее время на регулярной основе пополняются БД по различным аспектам деятельности ВКМ. Так, БД «БИБЛИОГРАФИЯ», содержащая более 10 000 публикаций c использованием для исследований штаммов ВКМ, связана с каталожной БД и обеспечивает он-лайн доступ научного сообщества к информации о культурах фонда. На основе многолетнего (более 50 лет) опыта работ по консервации штаммов грибов создана база данных (БД), позволяющая проводить оперативную оценку сроков гарантированного сохранения жизнеспособности культур широкого спектра таксонов и определять оптимальные методы и режимы консервации при закладке на хранение новых штаммов.
ВКМ располагает практически полным комплексом современных методов и оборудования, необходимых для точной идентификации микроорганизмов всех, а также для определения широкого спектра фенотипических характеристик, требуемых для описания новых таксонов микроорганизмов в соответствии с международными стандартами. На базе ВКМ возможно выполнение фундаментальных и прикладных исследований, связанных с изучением свойств микроорганизмов и микробиологических процессов, приводящих к синтезу востребованных в промышленности соединений.
Участие в Федеральной научно-технической программе развития генетических технологий на 2019-2030 годы
Проект «Консорциум российских микробных коллекций (ВКМ, UNIQEM, ИЭГМ) на базе Всероссийской коллекции микроорганизмов: развитие фондов и информационных ресурсов, повышение доступности, расширение функциональности»
(Соглашение от 29 мая 2025 г. № 075-15-2025-485)
Соисполнители проекта:
ФГБУН Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук» (ФИЦ Биотехнологии РАН),
ФГБУН Федеральный исследовательский центр Пермский федеральный исследовательский центр УрО РАН
РЕЗУЛЬТАТЫ I ЭТАПА ПРОЕКТА (29.05.2025-31.12.2025)
Выполнены в полном объеме все запланированные работы и исследования первого этапа проекта, направленные на развитие фондов и информационных ресурсов коллекций-участников проекта, на повышение эффективности исследований и разработок в области генетических технологий, связанных с изучением и практическим использованием микробного разнообразия.
Консолидированный фонд трех коллекций был пополнен на 470 культур различных групп микроорганизмов (бактерии, включая актинобактерии и цианобактерии, археи, мицелиальные и дрожжевые грибы, микроводоросли). Каталожный фонд ВКМ увеличился на 302 штамма микроорганизмов – представителей новых, отсутствующих или слабо представленных в ВКМ и других коллекциях страны родов и видов, в их числе типовые (эталонные) штаммы видов и культуры с биотехнологическим потенциалом. Микроорганизмы депонированы различными исследователями и организациями России и Зарубежья, в том числе, в связи подготовкой к печати описаний новых таксонов и иных научных результатов. Принятые в коллекцию штаммы характеризуются разнообразием биотопов и широкой географией – почвы, растительные остатки, нефтяные скважины и очистные сооружения разных регионов России, термальные источники Северной Осетии, ил и биопленки термальных источников Монголии, соленые водоемы Узбекистана, донные отложения Северных морей, многолетнемерзлые отложения Арктики и Антарктиды и др. В числе депонированных штаммов имеются также изоляты из микробиомов здоровых растений и животных, а также из тканей растений, пораженных фитопатогенными нематодами и ксилофильными насекомыми.
В рамках работ по повышению качества консолидированного фонда было идентифицировано (ре-идентифицировано) более 320 штаммов микроорганизмов с использованием МАЛДИ масс-спектрометрии и молекулярных методов, включая анализ геномов. Выявлено несколько новых родов и более 40 новых видов микроорганизмов, значительная часть которых была идентифицирована в 1960–1990-х гг. на основе фенотипической системы классификации и поступила в ВКМ из авторских коллекций Н.А. Красильникова (преимущественно почвенные актиномицеты), Т.Г. Добровольской (изоляты из пустынь, литофильных лишайников Тянь-Шаня и Памира), И.Н. Мицкевич (обитатели морских экосистем), а также многочисленные штаммы, выделенные из различных биотопов и переданные в фонд ВКМ Г.А. Заварзиным, Л.В. Васильевой, С.С. Беляевым, Д.И. Никитиным и другими исследователями.
Получила дальнейшее развитие информационная сеть российских микробных коллекций с Консолидированной БД по фондам и Сводным интерактивным электронным каталогом на её основе (https://www.vkm.ru/Cosolidated.htm). В текущем году в БД и каталог консорциума коллекций включено 470 штаммов микроорганизмов. Выполнены работы по развитию других объектов информационной инфраструктуры ВКМ, в их числе БД «ВКМ-ГЕН», включающая последовательности генов/локусов ДНК и геномов штаммов коллекции; БД «ХРАНЕНИЕ»; БД «ПИТАТЕЛЬНЫЕ СРЕДЫ», интегрированной с каталожной БД; БД «БИБЛИОГРАФИЯ». Фонды, научно-сервисные услуги и информационная структура ВКМ востребованы широким кругом научно-исследовательских и коммерческих организаций, ВУЗов, государственных структур. Показателями востребованности фонда и услуг ВКМ могут служить более 160 договоров, заключенных в текущем году сторонними организациями и более 500 документов, пополнивших в текущем году БД «БИБЛИОГРАФИЯ».
В рамках задач по подготовке высококвалифицированных кадров по направлениям реализации Федеральной программы разработаны и утверждены образовательная программа курсов повышения квалификации «Биоресурсные коллекции микроорганизмов немедицинского профиля: стратегия выживания и развития», а также образовательная программа для школьников. По разработанной программе «Биоресурсные коллекции…» прошли обучение 20 слушателей из 8 организаций 4-х федеральных округов (Дальневосточный, Приволжский, Северо-Западный, Сибирский). Проведена V Школа-конференция молодых ученых, аспирантов и студентов «Генетические технологии в микробиологии и микробное разнообразие» (2-6 декабря 2025 г.) в рамках Всероссийской Пущинской конференции «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов» (Конференция «Биохимия, физиология и биосферная роль микроорганизмов» и Школа-конференция «Генетические технологии в микробиологии и микробное разнообразие» прошли в ИБФМ РАН). Видеосюжет о мероприятии вышел на канале «ОТВ Серпухов» (ссылка на видеосюжет имеется на вышеуказанном сайте).
Результаты работ и исследований, выполненных за отчётный период, отвечают всем научным направлениям, обозначенным в Федеральной программе и востребованы в краткосрочной и долгосрочной перспективах специалистами самых разных областей научной, образовательной и научно-практической деятельности – всюду, где объектами исследований или использования являются штаммы микроорганизмов, осуществляемые ими процессы и синтезируемые метаболиты.